งานของกรมตรวจบัญชีสหกรณ์ เริ่มมีขึ้นเป็นครั้งแรกในประเทศไทย เมื่อปี พ.ศ.2459 อยู่ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ซึ่งในขณะนั้นงาน การตรวจบัญชีสหกรณ์ อยู่ในความรับผิดชอบของ แผนกงานสหกรณ์ กรมพาณิชย์ และสถิติพยากรณ์ กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ และต่อมา เมื่อมีการปรับปรุงกระทรวง ทบวงกรมใหม่ จึงได้รับการ เลื่อนฐานะเป็น กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ อยู่ในสังกัดของ กระทรวงการสหกรณ์ เมื่อวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2495 ซึ่งต่อมา ก็ได้เปลี่ยนไป ขึ้นอยู่กับ กระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ ในปี พ.ศ.2506 และเมื่อมี การยุบกระทรวงพัฒนาการแห่งชาติในปีพ.ศ. 2515 กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ ก็เปลี่ยนมาขึ้นอยู่กับ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จนถึงปัจจุบันนี้

      ระบบการตรวจสอบบัญชีสหกรณ์ แต่เดิมนั้น ผู้ตรวจสอบบัญชี ทั้งหมดจะรวมกัน อยู่ที่ สำนักงานใหญ่ ของกรมฯ ใน กรุงเทพฯ เพียงแห่งเดียว และจะเดินทางออกไปเพื่อทำ การตรวจบัญชี ในจังหวัดต่างๆ เพียงปีละครั้ง หรือสองครั้งเท่านั้น แต่ละครั้ง จะใช้เวลาประมาณ 60 ถึง 90 วันซึ่งก็เป็นผลให้ การปฏิบัติงานเป็นไป ไม่คล่องตัวเท่าที่ควร จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2524 กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ จึงได้เริ่มกระจายงานการตรวจสอบบัญชี ออกไปยังส่วนภูมิภาค โดยการจัดตั้ง สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ ประจำจังหวัด ขึ้นเพื่อให้ความช่วยเหลือแนะนำด้านการเงิน การบัญชี ให้สถาบันเกษตรกร ได้อย่างใกล้ชิดยิ่งขึ้น ปัจจุบัน กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ มีสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ประจำอยู่ ทุกจังหวัดทั่วประเทศ โดยมีสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ที่ 1 - 10 ทำหน้าที่คอยกำกับดูแลการปฏิบัติงานของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ ซึ่งอยู่ในสังกัด